Manip-Labo - Fanélie Au Japon

16 mai 2008

Manip protéome

Ca y est la manip sur le protéome entier est lancée,
Chaque jour je traite 800 souches ce qui me donne un horaire plutot serré!
Moins d'1h/jour pour relever mes mails et écrire sur ce blog,
Ne vous étonnez donc pas si le blog est au ralenti jusqu'en juin!

J'essayerai d'écrire qqes articles hors-ligne le soir et les publier la journée mais je promets rien.

De toute façon, ce we je bosse à fond donc j'aurai pas grand chose à raconter!

Prochaines sorties: visite de Kamakura et Tokyo avec mon papa les 24/25 mai. J'ai hate, ça va être bien et ça fera du bien de casser la routine de ces journée de fous.
Je deviens un robot-zombie comme prévu !

Posté par fanelieb à 10:51 - Manip-Labo - Commentaires [1] - Permalien [#]

02 mai 2008

1 mois - Bilan

Hey, ça y est Aurore, ça fait un mois que je suis partie !
Et il est donc temps de faire un bilan:

- Niveau vie sociale:
Rien à redire, ils sont très sympas. Nous sommes même arrivés à nous faire des blagues et hier on s'est pris un bon fou-rire avec Atsuko (pour des conneries, mais ça fait quand même du bien!)

- Niveau visite:
S'il fait beau, je m'oblige ce we à sortir dans Tokyo (ce qui veux dire prendre le métro et jouer la touriste avec mes 25 milles cartes et guides touristique)

- Niveau manips:
Après avoir stagné pendant un moment, puis avoir attendu que mes gentilles petites levures poussents, croisent et poussent à nouveau... je suis enfin rentrée aujourd'hui dans la manip pilote de reverse array (ce pourquoi je suis ici! Parce que des croisements, je peux les faire à Namur)
Du coup, je profite de ce bilan pour vous exposer un peu ce que je fais ici.

Slides 1 & 2

La première étape de mon travail ici était de croiser mon déletant pour ma protéine d'interet avec la banque qu'ils possèdent et où chaque ORF est taggée.
Cette partie est à moitié finie (disons que j'ai fait 2500 croisements sur 5000)
Heureusement tout se fait par "réplicateur" 96-pin (96 croisement par 96, c'est tout de même mieux que 1 par 1 !!!)

Slide 3
Ensuite, une fois cette nouvelle banque créee, où chaque ORF est taggée dans un background déletée pour mon enzyme d'interêt, je dois l'utiliser pour analyser le taux d'expression de chaque protéine.
Pour cela, je reproduis le protocole qu'ils avaient utilisé pour la publication dans Nature et qu'ils ont amélioré depuis.
Pour commencer je vais réaliser une expérience pilote sur uniquement 96 souches pour comparer la banque déletante et le contrôle mais également comparer mon contrôle à ce qu'ils ont publié. Si les deux types de contrôles sont semblables, je n'aurai pas besoin de les refaire (5000 reverse array d'économisés! c'est toujours ça de pris!)
Et dire que quand je me préparais à venir ici, je me disais que tout serait robotisé, ca devait l'être ! Pas moyen de faire tout ce travail à la main! Et bien SI !!!
Tout d'abord, il faut strier sur SD chaque souche (au cure-dent s'il vous plait) ensuite les restrier sur milieu minimur pour la surexpression (promoteur nmt1) et enfin, toujours au cure-dent, les passer en plaque 96 puits!
Tout ça pour dire que j'ai passé 2 après midi complètes seulement sur 2x96 colonies! Qu'est-ce que ça va etre quand ce sera pour de vrai!
(Tu vois GM, je compatis et si je trouve un p'tit jap', c'est pas sur que je le ramène! Je vais d'abord l'épuiser ici!)

Voilà un petit appercu de ce que je fais au labo ici!

Ah oui, avant que j'oublie, j'ai eu le droit à ma première séane de remplissage de boites de tips aujourd'hui!!! C'est quand même plus drôle quand je le fais pour les autres! (Parce qu'en plus, 96 par 96, ça part vite les tips !!!)

Posté par fanelieb à 11:11 - Manip-Labo - Commentaires [6] - Permalien [#]